.htaccess in subdir é ignorado pelo próprio .htaccess do WordPress em /

Eu tenho uma instalação do WordPress na raiz de um apache (IE on / ) e o WP escreveu esse .htaccess personalizado:

RewriteEngine On
RewriteBase /
RewriteRule ^index\.php$ - [L]
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule . /index.php [L]

Agora eu preciso esconder um único script php, digamos em /scritps/hello.php , tentei um .htaccess em /scripts com:

Order allow,deny
Deny from all

Mas é superado pelo access de WP, e hello.php é mostrado de qualquer maneira. (Eu sei disso porque mover o diretório de scripts para fora de WP para outro servidor em meu ambiente local faz com que ele funcione.

Eu quero esconder este arquivo php no site ao vivo porque ele só deve ser chamado pelo cron a partir da linha de comando, e não consigo colocar o arquivo fora da raiz do apache, porque é isso que eu tenho access FTP.
E não, eu não tenho access SSH, outra pessoa vai definir o trabalho cron.

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